A Nagy (de teljesen üres) Koronavírusposzt
Eredeti szerző: jotunder
Nem vagyok orvos, nem fogok írni a koronavírusról, de ha valakinek fontos gondolatai támadnak, akkor idekommenteljen, ne egyenesen bele a levegőbe.
<div class='sharedaddy sd-block sd-like jetpack-likes-widget-wrapper jetpack-likes-widget-unloaded' id='like-post-wrapper-192691293-16518150-6ae16ad9a4f10' data-src='https://widgets.wp.com/likes/?ver=14.1#blog_id=192691293&post_id=16518150&origin=www.orulunkvincent.hu&obj_id=192691293-16518150-6ae16ad9a4f10&n=1' data-name='like-post-frame-192691293-16518150-6ae16ad9a4f10' data-title='Like or Reblog'><h3 class="sd-title">Like this:</h3><div class='likes-widget-placeholder post-likes-widget-placeholder' style='height: 55px;'><span class='button'><span>Like</span></span> <span class="loading">Loading...</span></div><span class='sd-text-color'></span><a class='sd-link-color'></a></div>
@rikitikitevi: hasonló módon nem értem pl Görögországot, a mediterráneumból, dél-európából teljesen kilóg, a ny-ra közeli olaszokhoz, k-re szomszéd törökökhöz sem hasonló. Jobb híján csak a véletlennel tudom magyarázni.
@rikitikitevi: Aaaa, köszi, ebből most mindent értek 🙂
@rikitikitevi: Még az a jelenség sincsen, amire – szerény önbevallásod szerint – felhívtad volna a figyelmem. Ismétlem, minden személyeskedés nélkül: felelőtlennek tartom, amit csinálsz.
víruselemzés és eredettörténet:
http://www.minervanett.no/corona/the-most-logical-explanation-is-that-it-comes-from-a-laboratory/361860
@rikitikitevi: érdekes… majd ha a Nature-be megjelenik, akkor kicsit jobban elhiszem… ez így csak hipotézis, és az ellenhipotézisről (ti. hogy természetes eredetű) már bőven jelentek meg cikkek jó lapokban…
@deckard_r: persze.
Azért valami tudásod van alap virológiához, ha jól gondolom.
@deckard_r: a Nature-ben megjelent cikk egyébként csak annyit állít, hogy nincs nyoma génmanipulációnak.
A norvégok sem génmanipulációra gondolnak, hanem gain-of-function szelektív tenyésztésre.
Én imádom a véletleneket, főleg az óriási véletleneket.
Az univerzum nagy véletleneiről:
A veszélyesebb koronavírusok kutatásával, és gain-of-function módosításával korlátozott ismereteink szerint a legmagasabb BSL-4-es biztonsági fokozatú laborok közül 3 foglalkozott a világon (biztos van/volt több is, de ezekről biztosan tudunk).
Kettő labort bezártak/a kutatásokat megszüntették, mert túlzottan kockázatosnak vélték ezeket a kutatásokat (cost-benefit) a szakmai és politikai körök, az esetleges eredményeket elhomályosítják a lehetséges kockázatok.
Ez nem mindenkinek tetszett, így eredményeket, tudást, és főleg sok pénzt vittek át a megmaradt 3. laborba.
A két labor az USA-ban leledzett.
Aki átmenteni igyekezett amit lehet, többek között Mr Fauci.
Na,és hol van a 3. labor?
Wuhanban.
Ezek a véletlenek, imádni kell őket.
Ahol sok minden közül mit csinálnak?
A North Virginia BSL-4 laborban végzett koronavírus gain-of-function kísérleteket folytatják.
Amerikai és brit titkosszolgálatok egybehangzó elemzése szerint a wuhani BSL-4 labort 2019 okt 7 és 24 között lezárták, okt 14 és 19 között a labort izoláló útlezárásokkal.
(az első hivatalosan elismert kínai eset Nov 17)
de ezek természetesen mind az univerzum nagy véletlenei, van hogy így jönnek össze a dolgok. Nem állítok semmi egyebet 🙂
@rikitikitevi: nem konkrét szakterület, related inkább, a többi az elmúlt pár hónap viszonylag intenzív szakirodalom olvasása 🙂
ez egy kicsit kiegyensúlyozottabb áttekintés, visszakereshető referenciákkal
http://www.nature.com/articles/d41586-020-01541-z
se pro, se kontra nincs szerintem elég infó, de az engineered talán a legkevésbé valószínű…
@deckard_r: ez kétségtelenül egy jó cikk
Bolsonaro koronavírus-tesztje pozitív lett.
http://www.theguardian.com/world/2020/jul/07/jair-bolsonaro-coronavirus-positive-test-brazil-president
@rikitikitevi: minden lehet, csak azt nem értem, hogy ha volt egy containment baleset (amire a lezárások utalnának), akkor hogy a rákba nem tudták megfogni? úgy ráadásul, hogy elvileg ezek szerint ismerniük kellett a vírusukat… ennyire nem hülyék a kínaiak… na mindegy, ez úgyis csak spekuláció, és azt se tudjuk meg ki ölte meg Kennedy-t…:)))
@deckard_r: sok minden lehetséges, hogy esetleg miért nem sikerült (feltételes mód természetesen az egész variáció)
első gondolatom, hogy igen volt egy kör aki pontosan ismerte a vírusukat, de azt titkolni igyekeztek, ami könnyen hátráltathatta a megfogását
az hogy eddig soha nem látott karanténnal, szigorral és lezárásokkal álltak elő, nagyjából amikor egyértelművé lehetett hogy nem tudják megfogni (+/- a szokásos autokratikus tétovázás), az számomra arra utal, hogy ismerték a vírusukat
(az egész világot, és a WHO-t januárban komolyan meg is lepte ez a fellépés, példátlannak minősítették, és a saját ajánlásaikon jóval túlmutatónak)
ha felbukkan egy ismeretlen tüdőgyulladás valahol december végén, ami talán van, talán nincs, akár 2 hetes lappangási idővel, influenzaszezonban influenzaszerű tünetekkel, aki esetleg felveti hogy koronavírus van köztünk, azt elhallgattatjuk, így még egy pár hét eltelik, talán így terjed, talán úgy, talán semmit nem tudunk még róla, és akkor január közepén soha nem látott szigorral ráugrunk? Hát számomra érdekes.
minden évre jut egy, most pl a sertésinfluenza jött föl újfent Kínában, figyelgetik, vizsgálgatják, mégse azzal indítanak, hogy lezárják a fél országot 🙂
Reggeli hír, de csak most láttam.
hvg.hu/itthon/20200708_magyar_uszok_koronavirus_antitest_veradas_verminta
Hogy lesz ebből nyáj-immun? Vagy vakcina? 🙁
Jó, csupa fiatal erős sportolóról van szó, vagyis az amúgy is kis minta egyáltalán nem reprezentatív az igaz.
@rikitikitevi: Mondasz valamit. Ismerhették a kis bestiát a laborjukból ezért lehetett a példátlan szigor mikor már javában elterjedt a járvány. 🙁
És hogy a kínai komisszárok tagadnak? Az mondjuk pont nem jelent semmit. 🙁 Nemzetközi szerződéseket rúgnak fel pofátlan bolseviki arroganciával (1 ország 2 rendszer Hongkongban, Paracel szigetek, Kasmír csak idén). 🙁
@rdos: Kis minta, de a 100 százalék az egy elég karakteres eredmény.
Nem él meg a korona a kemény magyar húsban.
@rdos: @kemény keleti kommentelő: Nem vagyok immunológus, és éppen ezért számomra nem világos, hogy a „nem volt ellenanyag a vérplazmában” ugyanazt jelenti, hogy „nem képes ellenanyagot termelni a bejutó kórokozók ellen”. Lehetnek pl. memóriasejtek nyirokcsomókban, amelyek újbóli fertőzés esetén gyorsan termelnek ellenanyagot, de ezt vérplazmából nem tudod kimutatni. De az is lehet, hogy hülyeségeket beszélek, akkor egy immunológus javítson ki.
@kemény keleti kommentelő: 🙂
@Egon Estragon: Én is csak most tanulom a virulógiát. 🙂 A HVG már a címében azt állítja hogy nem lettek védettek a sportolók. Mivel ők főállásban tanulják ezt az egzotikus szakmát vélelmeztem ha leírják akkor igaz.
@rdos: hát, ha a hvg írja, akkor az biztos úgy is van…:))) nem csak B-sejtes immunválasz van ám és a szakirodalom pont azt feszegeti mostanság, hogy mi van akkor, ha itt a T-sejtes dominál… akkor ugyanis az ellenanyag kimutatása (szerológia) keveset mond nekünk…
@deckard_r: különösképp érdekes, hogy felmerült, hogy a T-sejtes válasz keresztreakciót adhat a közönséges megfázásokért felelős koronavírusokkal. vagy hogy mi van, ha az enyhe vagy tünetmentes fertőzés ill. a súlyos abban (is) különbözik, hogy a domináns immunválasz típus más…
@deckard_r: 🙂 Igen az újságot írók nem tudományos szinten írnak arról amiről írnak, bár a HVG még messze a legjobbak közé tartozik.
Marton Péternek is feltettem a HGV-s linket és kétségeimet (alább), de mivel az moderált blog, most még nem látszik. Itt.
kprax.blog.hu/2020/07/01/a_koronavirus-jarvany_rogos_utjan_ii#c38676372
@deckard_r: Marton Péter a tegnapi linkemen most válaszolt. 🙂
@rdos: Az én állaáspontomat erősíti, hogy attól még lehetnek memóriasejtjei, hogy plazmából ellenanyag nem mutatható ki. Persze ettől még egyáltalán nem biztos, hogy vannak memóriasejtjei, csak nem állathatjuk, hogy biztos nincsenek.
@Egon Estragon: Így van igen. Ezért is szóltam mert Marton Péter eléggé képben van és Ő is azt mondta amit Te. 🙂
lassan esik le a tantusz
társadalmilag fenntarthatatlan intézkedések, mint megoldás, ráadásul egyetlen megoldás
a műtét sikerült, csak belehalt a beteg
http://www.portfolio.hu/gazdasag/20200709/olaszorszagban-tarsadalmi-robbanastol-felnek-440658
lehet egy év sem kell hozzá, és nagyon át fog alakulni az általános vélemény hogy ki volt és milyen lépés volt igazán „felelőtlen”…
Európa és a fejlett világ a mélybe lett taszítva az átfogóbb eredmények után már 0,3% IFR alatti vírusra adott reakcióval, a társadalmat szétzúzó és fenntarthatatlan lezárásokkal
deutsche-wirtschafts-nachrichten.de/505164/Corona-Nachwehen-Deutschland-bereitet-sich-auf-schwere-Unruhen-vor?utm_content=art505164&utm_medium=email&utm_campaign=radar&utm_source=u30655&f_tid=f0c61694ff2b94c146d4f3d9f63cf373
@deckard_r: (laikus tamáskodás) az, hogy az úszók vérében nem volt antitest kétféleképp lehetséges. 1. volt, de eltűnt 2. nem is volt.
az 1. lehetőség nagyon is valóságos a már itt is többször citált kínai 2 * 37 részvevős vizsgálat szerint, miszerint az aszimptomatikus, vagy gyöne szimptómákat mutató betegek imunitása igen rövid életű.
a 2. lehetőség is kétféleképp lehetséges, a szervezetben lehet valamiféle védelem (pl. a reménybeli t sejtes keresztimmunitás, vagy extrém ritka receptorok, mittomén), vagy lehet egyszeri jószerencse.
ez a t sejtes keresztimmunitás még, ha jól értem. csak elvi lehetőség, a választ kimutatták, de hogy effektív-e, az kérdés. (a válasz megléte nem tűnik túl meglepőnek, ezek az immunválaszok nem nagyon precízen specifikusak, ha jól veszem ki a közismereti izékből, szinte az lenne megleő, ha nem lenne)
@incze: érdekes, hogy a gyakorlatban legvalószínűbb lehetőség fel sem merül,
technikai probléma
azaz álpozitív esetek a tudományos értelemben véve ismeretlen pontosságú és megbízhatóságú tesztek okán.
@rikitikitevi: teljesen igaz, viszont egy (nem véletlenszerűen válogatott csoport esetében – mint az egymással rendszeres kontaktusban lévő úszók) ha nagy a pozitívok aránya, akkor szerintem (hacsak nem ténylegesen technikai hibás a teszt) a teszt tudományos értelembe vett pontosságára nem nagyon lehet fogni mert az ismert módszerek specificitása ehhez túl nagy (és ezzel együtt a pozitív prediktív érték is)
@deckard_r: hát jó,
mekkora a specificitás és mekkora a PPV?
@rikitikitevi: én úgy olvastam, hogy a pcr tesztek nem csinálnak fals pozitívot (már ha a körülmények, pl. labortisztaság rendben vannak). de az úszóktól eltekintve általában is, a vérplazmával kísérletező/gyógyító orvos arról számolt be, hogy nagyon magas azok aránya, akik covid-19 pozitívak voltak, de a vérük nem használható, mert nincsen benne semmise. eszonta:
„Az eddigi 450 felajánlás közül az érintettek felét találtuk alkalmas donornak, a maradék 225 fő esetében negyvennek a véréből tudtuk kimutatni az antitesteket. A negyvenből húsznál gyógyításra alkalmas vérplazmát tudunk előállítani, ezek mindegyike egy-egy beteg megmentését szolgálja” – 24.hu/belfold/2020/07/08/koronavirus-covid19-uszok-antitest-plazma/
—
fura ügy ez nekem, mert a vérplazmával világszerte foglalkoznak, és azt hittem volna, hogy egy ilyen durva jelenségtől hangos lenne a világsajtó, de nem az. hogy az antitest elég gyorsan eltűnhet a szervezetből, azóta nagybb mintán (1500) is bemutatták – (preprint): http://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.13.20130252v1 – csak az abstractot olvastam el, de annak ez a vége:
Conclusions: Very few healthcare providers had IgG antibodies to SARS-CoV-2, though a significant proportion of them had been infected with the virus. After SARS-CoV-2 infection, people are unlikely to produce long-lasting protective antibodies against this virus.
@deckard_r:
@incze:
http://www.nytimes.com/2007/01/22/health/22whoop.html
134 PCR pozitív eset, egymással rendszeres kontaktusban lévők esetén, egy kórházon belül
ennek eredményeképpen
1400 kezelés, 4500 vakcináció
és mint kiderült, egyetlenegy valós pozitív eset volt (talán)
se járvány, se valós fertőzöttek
és mindez baktérium esetén, ahol a PCR sokkal megbízhatóbb, és a PPV nagyobb, mint vírus esetén
interesting, nem?
az eset nem egyedi, csak jó példa a PCR-ra, ami nem is arra van kitalálva hogy diagnosztizáljon
majd igyekszem bővebben
@rikitikitevi:
A PCR előtt az antitest kimutatásról, lateral-flow immunoessay gyorstesztek, meglehetősen alacsony specificitással bírnak, influenza esetén ez már ismert probléma, lévén hogy ezek a tesztek illetve a vizsgált immunválasz függ a ‘viral load’-tól az pedig vírusok esetén nagyon variábilis és esetenként jelentősen eltérő – ez megint technikai nehézségekre és abból adódó problémákra hívja fel a figyelmet.
Alacsony viral load esetén (pl tünetmentes hordozó) nem alakul ki detektálható immunválasz, vagy legalábbis sok lesz az álnegatív eredmény.
A PCR a baktérium, vagy vírus DNS-ét szándékozik kimutatni. Itt a szenzitivitás nagyon magas, a legapróbb mennyiséget is képes kimutatni. Nagyon kevés az álnegatív eset, tehát amikor lenne anyag, de mégsem mutatja ki a teszt, és bár pozitív az eset, de negatívnak találja.
Ezzel szemben a veszélye, a specificitás. Amit pozitívnak mutat ki, annak jelentős része lehet álpozitív. Nem mond semmit az anyagról, amit kimutat. Lehet hogy már elhullott, elpusztult, szétvert anyagról van szó. Lehet hogy táplálékként bekerült anyagról. Lehet hogy más forrásból más élőlényből származó anyagról. Vagy technikai hibáról, a legapróbb mennyiséget is kimutatja, azt is ami kontamináció, vagy ami reagens hiba.
„az eset nem egyedi, csak jó példa a PCR-ra, ami nem is arra van kitalálva hogy diagnosztizáljon”
Nem, ez arra jó példa, hogy aki nem ért hozzá, az egy 2007-es NYT cikkből nem vonjon le következtetéseket általában egy diagnosztikus módszer teljesítményére vonatkozóan 2020-ban… amúgy a cikk is leírja, hogy az akkor nem validált klinikai (diagnosztikus) PCR volt (mert nem is igen volt olyan akkor pertussisra tán). Az itthon diagnosztikára beállított klinikai SARS-CoV-2 PCR tesztek CE-IVD minősítettek (ezért is volt gond a kapacitás, mert ezek minősített reagensekkel mennek).
„és mindez baktérium esetén, ahol a PCR sokkal megbízhatóbb, és a PPV nagyobb, mint vírus esetén” – esetleg van adatod, ami ezt a nagyon általános állítást alátámasztaná? merthogy a specificitás az leginkább primer szekvencia kérdése, ráadásul a klinikai SARS-CoV-2 PCR-ek több párhuzamos targetre tartalmaznak primereket… véletlenül pont volt a kezemben ilyen kit leírása :)))
„mekkora a specificitás és mekkora a PPV?”
Az analitikai specificitás az nagyon közel 100%, a tényleges, az leginkább kontamináció/mintakezelési hiba miatt alacsonyabb, de az rendes laborban azért ekkora fals pozitív arányt nem csinálhat…
»Nagyon távol áll a valódi járványügyi védekezéstől az, amit a kormány csinál, nem az egyébként ellentmondásos beutazási korlátozások elrendelése lenne a legfontosabb. Ennél többet számítana a tömegrendezvények korlátozása, valamint a több teszt és a járványgócok tisztességes feltárása, bemutatása, a megfelelő kontaktuskutatás. Arra megy ki az egész, hogy hinnünk kell. Ez egy politikai üzenet, ami arról szól, hogy itthon minden rendben van, minden baj külföldről érkezik hozzánk – véli Falus Ferenc volt tiszti főorvos.«
http://www.klubradio.hu/adasok/falus-azt-varja-a-kormany-hogy-higgyuk-el-itthon-minden-rendben-113235
@deckard_r: az nem a valódi specificitás, amiről te beszélsz. A specificitásnak van jól meghatározott definíciója.
Ami specificitást te értesz, az a teszt inherens specificitása, azaz ugyanabból a mintából, mekkora arányban hozza ki ugyanazt az eedményt. Ez valójában a reprodukálhatóság.
A primer szekvencia által meghatározott specificitás, az a kimutatandó ‘elemre’ megfigyelhető specificitás. Azaz mennyire egyedi az a szekvencia, amit kimutatunk.
Ha a covid szekvenciánk más vírusban, vagy bármiben is előfordul, akkor rengeteg álpozitívot kapunk. Ez valóban a primer szekvenciától függ, de ez sem a valódi specificitás.
Mert mi a tényleges specificitás? (és ha már, akkor a PPV?)
A specificitás a negatív esetek mely arányát mutatja negatívnak a teszt, azaz mekkora az álpozitív eredmények aránya.
A valódi negatív esetekhez képest!
Ezt hogyan mérjük? Hogy állapítjuk meg hogy a negatív valóban negatív? Mi a standard, amihez a tesz specificitását viszonyítjuk?
A pertussis teszt esetén (amivel a linkben láthatóan micsoda gondok tudtak adódni) levezethető, hogy
x elemet megvizsgálunk a teszttel, majd ezen x elem mintáját elküldjük egy mikrobiológiai laborba is, tenyésztéses vizsgálatra, amely az arany standardot jelenti. Napok/hetek múlva kiértékeljük a mikrobiológiai tenyésztés eredményét, ami kitenyészett, az pozitív, ami nem az nem. Ez a 100% specificitás, amihez viszonyítunk. Megnézzük, hogy a tenyésztéses eredményekhez képest hogyan vizsgázott a tesztünk, azaz a negatív tenyésztések mekkora részét találta negatívnak.
Ez lesz a tesztünk specificitása.
Covid-19 PCR esetén mihez viszonyítottunk?
Milyen standardot vettünk alapul, ami alapján meghatároztuk a specificitást?
Milyen módszerrel validáltuk?
Milyen módszerrel ellenőriztük?
Az én tudásom szerint semmilyennel. A PCR eredményeket PCR eredményekkel validáltuk. Vagy azzal sem.
Ha valaki tud forrást, bármit ezen információhoz, örömmel olvasnám.
NEM tudok (szakértők akikkel értekeztem sem) ilyenről.
A PPV hasonló a specificitáshoz, de befolyásolja a prevalencia, azaz a betegség elterjedtsége, számossága. Ugyanazon specificitású teszt esetén, minél nagyobb a betegség prevalenciája, annál nagyobb lesz a teszt prediktív értéke. A létező pozitívok annál nagyobb arányát mutatja ki, egyre csökkenő számú álpozitív mellett.
(Más megközelítésben, egy nagyon ritka betegséghez nagyon specifikus tesztet kell találni, mert különben sokkal több álpozitív eredményt ad, mint ahány beteg egyáltalán létezik)
De akár számolunk a prevalenciával, akár nem, a PPV esetén is igaz, hogy a teszt értékét, egy elfogadott arany standard által megállapított pozitív esetszámhoz viszonyítjuk.
Ami Covid-19 esetén micsoda? És hol van ez a standard? Mihez viszonyítjuk a PCR teszt PPV értékét? Hiszen definíció szerint kell szerepeljen a számlálóban és nevezőben is a valódi pozitívok száma! Mi a valódi pozitívok száma?
A Deutsches Arzteblatt-ban volt PPV study a német PCR tesztről. Ezt most nem találom, de ha minden igaz 95%-os specificitással számoltak – amire kíváncsi lennék, hogy honnan és hogyan származik – de ezzel a feltételezéssel élve több prevalencia scenariot elemeztek, egy 3%-os, és egy 20%-os prevalencia helyzetet. Az előbbiben 30% PPV adódott, az utóbbiban 78%. Álpozitívok aránya 70%(!), illetve 22%. És mindez nagyon magas, 95%-os specificitás mellett, ami sejtésem szerint tudományosan teljesen megalapozatlan.
@deckard_r:
„de az rendes laborban azért ekkora fals pozitív arányt nem csinálhat…”
hát az élet nagyon gyakran megcáfolja ezt 🙂
az analitikai specificitása tényleg magas a PCR-nak, de a valódi specificitás az ettől eltér, és nagyon. Nem az analitikával van itt gond. A pertussis áljárvány nem egyedi eset, csak jól dokumentált és könnyen linkelhető. Bőven van hasonlóra példa.
@rikitikitevi: questions, questions..
a PCR eredendő célja, DNS sokszorozása, gyártási, kutatási célokra.
Később, megpróbálják diagnosztikára is felhasználni, ami számos fundamentális nehézséggel néz szembe. (Ezen nehézségek eredménye, pl a linkelt teljesen fals pertussis járvány)
Egy ilyen probléma, hogy a PCR, működésénél fogva, a legapróbb mintát is felsokszorozza, függetlenül eredetétől.
Az adott szekvencia, amit a PCR ‘kimutat’ valóban csak az adott kórokozóra jellemző? Sehol máshol nem található meg? Mert ha igen, akkor rengeteg fals pozitív az eredmény.
Covid-19 esetén egyes PCR tesztek az E-gént amplifikálják, ami állítólag számos más vírusban megtalálható, és nem specifikus covid-ra. Ez akkor gond, ha más specifikus szakaszt nem is néznek, csak kizárólag az E-gént. (Természetesen vannak tesztek amik több targetet néznek)
A WHO áprilistól ‘accepted’ kategóriába vette azokat a teszteket is, amelyek csak E-gént amplifikálnak. Covid pozitívnak tekintendők ezek az eredmények. (Nota bene, egyetlen teszt sem ‘validated’, legjobb esetben ‘accepted’ kategória.)
Az adott targetek kimutathatóságát egy x teszt esetében validálták? Hogyan? Milyen módszerrel?
Sok alkalmazott covid PCR teszt kisbetűs szövegében fel van tüntetve, hogy diagnosztikai célra nem alkalmas. Pl Roche ModularAssays teszt.
A német, Drosten-féle PCR teszt esetén ügyvéd kellett, hogy a fejlesztő (a Charité Universitatzmedizin, Drosten egyeteme) választ adjon, a teszt kvalitatív, vagy kvantitatív teszt?
Ergo alkalmas viral load mérésére vagy nem?
„to the knowledge of the Charité in most cases these are […] limited to qualitative detection.”
A PCR tesztek leggyakrabban kvantitatív tesztek, a kimutatott, felsokszorozott anyagból kvantitatív következtetéseket lehet levonni az eredeti mintára vonatkozóan.
Eléggé elhallgatva, úgy tűnik Covid tesztek esetén ez nem áll fenn.
De miért nem? Mi az oka?
További fundamentális pontatlansági lehetőségek:
az RNS-t kimutató reverz-transzkriptáz PCR tesztek sokkal pontatlanabbak, mert az RNS-t először DNS-sé kell alakítani. Ebben a folyamatban sok pontatlanság rejlik, a kezdeti DNS mennyiség variábilis lesz.
A Covid PCR tesztek magas ciklusszámmal dolgoznak, 35-40 ciklussal is, ami tovább növeli a megbízhatatlanságot. Minél több a ciklus, annál nagyobb az esélye, hogy valamilyen mellékterméket amplifikálunk és nem valódi RNS-t.
Nem meglepő a rendkívül sok, zavaros eredmény, ‘újrafertőződések’, egyes betegek esetén 5 különbözö PCR teszt nagyon rövid idő alatt 5 különböző eredményt hozott, azaz +/-/+/-/+ (Szingapúr, Wuhan)
Nagyon szívesen olvasnék olyan studykat, product informationt, ami ezeket a kételyeket eloszlatná, de eddig hiába.
Ami kit a te kezedben volt deckard, milyen disclaimert tartalmazott?
Diagnosztikus célra is alkalmas, vagy csak research?
Kvantitatív teszt, vagy kvalitatív?
Itt (BMJ) talán szabatosabban le is van írva az alapvető probléma, amit említettem:
„A systematic review of the accuracy of covid-19 tests reported
false negative rates of between 2% and 29% (equating to
sensitivity of 71-98%), based on negative RT-PCR tests which
were positive on repeat testing.
The use of repeat RT-PCR
testing as gold standard is likely to underestimate the true rate
of false negatives, as not all patients in the included studies
received repeat testing and those with clinically diagnosed
covid-19 were not considered as actually having covid-19.”
Nincs gold standard specificitás, nincs ismert specificitású mérési módszer, amivel a PCR-t össze lehetne hasonlítani és validálni.
A PCR tesztet egy ismételt PCR teszttel (önmagával) ellenőrzik, és ez alapján határozzák meg a PCR teszt specificitását.
És a kapott eredmények óriási mértékben szórnak.
Tudományosan…it doesn’t cut it.
@rikitikitevi: „A large number of commercial detection assays for SARS-CoV-2 RNA or antigen and serological assays for SARS-CoV-2 specific antibodies are being placed on the market or are potentially exportable to EU countries with CE-IVD marking. However, information on their clinical performance is still limited and further scientific validation of their diagnostic accuracy, i.e. clinical sensitivity and specificity, is a priority. „
Nem az analitikai specificitás a kérdés, hanem a klinikai.
Most néztem, több száz (300) különféle teszt van, nincsen semmilyen megalapozott információ a jellemzőikről. De van minden, némettől kezdve kici ócó kínai is.
WHO ‘expert’ ajánlás fogadják be a teszteket, validálás és pre-qualification nélkül.
Egy study, ahol a PCR-t a radiológiai (CT) eredményekkel vetik össze:
pubs.rsna.org/doi/10.1148/radiol.2020200432
„In a series of 51 patients with chest CT and RT-PCR assay performed within 3 days, the sensitivity of CT for COVID-19 infection was 98% compared to RT-PCR sensitivity of 71% (p<.001)."
PCR esetén szenzitivitásra 70% kimondottan gyengus, szerény véleményem szerint. A szenzitivitását nem várnám gyengének, a specificitást igen.
@rikitikitevi: ez a bmj cikk a fals negatívról beszél (ami szenzitivitási kérdés). amiről pedig mi beszélünk, a fals pozitív (ami specificitási kérdés), amit nem látok a bmj cikkben sem ezt problémaként említve, meg a többi példáid közt sem.
@incze: én sem látom 🙂
pedig klassz áljárványokra van példa, ami specificitási kérdés
annál, hogy kérdéses a covid tesztek specificitása (és szenzitivitása is, csak az az én szememben a kisebbik gond) nagyobb baj, hogy szó sem esik róla
politikai aktivista ügyvédeknek kell a covid közérdekű információkat kikaparni…
egy Németországban(!)
nagyon sok minden problémát említek, amiről nem látom hogy bárki mást érdekelne…a politikára, tudományra értve
a mainstream discussion meglehetősen egyoldalúan irányított
keresni kutatni kell, hogy valami előbújjon
something else the cat brought in:
summit.news/2020/05/05/south-african-data-analysts-lockdown-will-lead-to-29-times-more-deaths-than-coronavirus/
@rikitikitevi:
Ennyi marhaságot és félinformációt egyben…
„A PCR a baktérium, vagy vírus DNS-ét szándékozik kimutatni. Itt a szenzitivitás nagyon magas, a legapróbb mennyiséget is képes kimutatni. Nagyon kevés az álnegatív eset, tehát amikor lenne anyag, de mégsem mutatja ki a teszt, és bár pozitív az eset, de negatívnak találja.”
Ez mekkora baromság, már megbocsáss… pont az álnegatív a probléma… vagyis a szenzitivitás alacsonyabb eredendően (ez állítja egyébként az idézeted is) … ez amúgy érthető (magyarázat ld. alább)
„A systematic review of the accuracy of covid-19 tests reported
false negative rates of between 2% and 29% (equating to
sensitivity of 71-98%),”
kevered a szezont a fazonnal…a teszt specificitásának mi köze a fals negatívok arányához? a szenzitivitás valóban jóval nagyobb szórást mutat de azért, mert lényegében az össze preanalitikai (a kontaminációt kivéve) és analitikai hiba (pl. az általad említett a transzkripciós hatékonyság kérdése is) a szenzitivitás csökkenti és nem a specificitást… a szenzitivitás ráadásul a minta típusától is függ.
Az iniciális gold standard elvileg valóban probléma, viszont azért a kórlefolyáshoz/klinikumhoz lehet retrospektív validálni és az itt elég jól is működött/működik (pláne, mert voltak studyk, ahol rutinszerűen csináltak mellkas CT-t is). És abban elég nagy az egyetértés az irodalomban, hogy az nagyon bőven 90% felett van. Onnantól viszont elég kell legyen az analitikai specificitás egy új teszt esetén (validált pozitív mintákhoz belőve) ha a primer in silico elég specifikus (azt még egy molbiol PhD hallgató is le tudja ellenőrizni, erre vannak ingyenesen hozzáférhető eszközök, aki tervezett már primer-t az általában már használt ilyet).
„És mindez nagyon magas, 95%-os specificitás mellett, ami sejtésem szerint tudományosan teljesen megalapozatlan.”
Ja, hát ha úgy sejted, akkor biztosan megalapozatlan is…
A prediktív érték valóban függ a preteszt valószínűségtől, viszont ebben az esetben az újratesztelés már egy magasabb preteszt valószínűségű mintán történik. Ráadásul egy zárt közösségben feltűnő egyetlen fertőzött rögtön megemeli közösségben figyelembe veendő a preteszt valószínűséget :)))
„A PCR tesztek leggyakrabban kvantitatív tesztek, a kimutatott, felsokszorozott anyagból kvantitatív következtetéseket lehet levonni az eredeti mintára vonatkozóan.”
ja, ezek qPCR-ek (mint azt nyilván te is tudod), viszont ez nem feltétlenül általánosan igaz a PCR módszerre. És egyébként a klinikumban használtak tényleg kvantitatívak viszont ebből nem következik, hogy viral load-ot mérsz velük (az egy külön történet, rengeteg buktatóval…)
a 40 ciklus egyébként egy molbiol-ban elfogadott standard, nem most találták ki…
„ogy már elhullott, elpusztult, szétvert anyagról van szó. Lehet hogy táplálékként bekerült anyagról. Lehet hogy más forrásból más élőlényből származó anyagról. Vagy technikai hibáról, a legapróbb mennyiséget is kimutatja, azt is ami kontamináció, vagy ami reagens hiba.”
uhhh, nem nagyon érteszt te ehhez… amúgy amit én láttam a 3 különböző vírus targetet néz, + 1 humánt izolációs kontrollnak… és ezeket egyenként leellenőrizték a humán genomra, + a szóbajöhető kórokozókra. És a mintavételt általában 6-8 evés-ivási tilalom után illik végezni… + RNS-t nézünk, és a szájüreg tele van RNázokkal, szóval inkább az a gond, hogy még azt se fogjuk meg, ami ott van… hogy a 3-ból kettő véletlenül jöjjön fel az önmagában se túl valószínű.
Szóval tudományosan az a közmegegyezés, hogy azért ez a célnak megfelel… meg jobb úgysincs. És klinikai döntést ritkán alapozunk 1 db teszteredményre. Egyébként a fals pozitív járványügyi szempontból jóval kisebb gond, mint a fals negatív… ha van baja a PCR-nek, az inkább ez.
„a PCR eredendő célja, DNS sokszorozása, gyártási, kutatási célokra.”
hát izé (facepalm)… ez így… hoyg is mondjam erős marhaság. Pl. mennyiséget nem PCR-el csinálunk, hanem inkább bacival. És a PCR ennél lényegesen sokoldalúbb eszköz, többek közt a DNS szerkesztés alapeszköze…
@incze: még egy hasonló eredmény: qubit.hu/2020/07/13/szalmalang-csak-a-covid-19-en-atesettek-immunitasa + http://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.09.20148429v1
„A King’s College kutatása is arra utal, hogy a SARS-CoV-2, ahogy a többi koronavírus, újra és újra megfertőzheti az embert. Ha ez valóban így van, a nyájimmunitás korszaka sosem jön el, sem egy puszta egyinjekciós oltás, sem pedig a tömeges megfertőződés által – mivel az antitestek idővel eltűnnek.”
—
ha a gyönge hatású fertőzés által szerzett immunitás semeddig se tart, az lényegében értelmetlenné teszi a vakcina fejlesztést. (bár vannak egzotikus forgatókönyvek még így is, ha pl. az egész emberiség a kezében tartja a vakcinát, és pl. 2020 szilveszterén egyszerre mindenki beadja magának, akkor egy pár hetes immunitás is elég lehet arra, hogy szegény sars-cov2 kipusztuljon)
@deckard_r:
mindkettő probléma, az álnegatív is, álpozitív is, szenzitivitás és specificitás, de én az egyiket emeltem ki. Erre hoztam a pertussis esetet. Ott nem az álnegatív volt a probléma igaz? De mégis 1500 ember kapott kezelést fals pozitívokra.
Attól még létezik a másik probléma is.
„És abban elég nagy az egyetértés az irodalomban, hogy az nagyon bőven 90% felett van.”
Itt nem tudom mi az ami 90% felett lenne. Az analitikus specificitás az igen. Bármi egyéb esetén nincs egyetértés az irodalomban, nem olvasol eleget 🙂
Klinikumhoz nem lehet retrospektíve validálni, a klinikum nem diagnosztikus. Főleg nem validált. Mondjam hogy facepalm? 🙂
Klinikummal validálni teljesen abszurd.
A studykban retrospektíve többnyire a további PCR teszteléssel validálnak, azaz ha később majd egyszer lesz egy n-edik pozitív minta, akkor azt Covidnak tekintik, és ehhez képest retrospektíve nézik vissza akár a CT akár a korábbi PCR eredményeket.
basszus pont a klinikumról szól a pertussis eset is. Megvolt a klinikum hozzá, kórjelző szamárköhögés is akadt, megvolt a PCR is hozzá, és rohadtul nem pertussis volt.
Influenza ugyanez, influenza szezonban a klinikummal, de gyakran PCR-ral is pozitív esetek jelentős részéről retrospektíve az derül ki, hogy nem influenza volt, csak nagyságrendileg 50%-ban.
Egy járványban, ahol megvan bias, ez szisztematikus hiba lesz. Influenza szezonban mindenki influenzás diagnózist kap, most mindenki Covidot. A teszteket ezért kell(ene) validálni.
A Drosten-féle német teszt 45 ciklussal megy, de van sok ami 35 felett.
Nem vagyok naprakész ez igaz, a cut-off 35 szokott lenni konvencionálisan, ennyit változott volna a technika?
Nem nagyon találok mást…
„Ct values higher than 40 are suspect because of the implied low efficiency and generally should not be reported,” MIQE (“Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments”” guidelines.”
„Ct value could also increase due to unspecific amplification (which could give false positive results)”
„Commonly, higher Ct values are interpreted as amplification or fluorescence artifacts, or cross contaminations.”
„To quote Kary Mullis, If you have to go more than 40 cycles to amplify a single-copy gene, there is something seriously wrong with your PCR.”
(PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications.)
És nem a te általad látott kitről beszéltem, több target esetén nincs probléma, én is azt írtam, csakhogy nem minden teszt multitarget, vagy olyan mint az általad említett, hanem van sokféle, és hogy párat mondjak, olyan nagy forgalmazóké nem multitarget teszt, mint pl Roche vagy Biopharm.
Ha valaminek az eredetéről beszélek, akkor ne azzal cáfold hogy ma mire használják 🙂
A továbbiakban koncentráljunk a lényegi kérdésekre a félre helyett,
melyik Covid PCR tesztet validálta bárki, és hogyan?
Mekkora a szenzitivitás, specifitás, (akár PPV) és ezekről miért írja azt az EU hogy nincsen megbízható adat egy tesztre nézve sem, és ez élvez prioritást?
A pertussis példával azért azt gondolom, hogy elég jól szemléltettem, hogy bizony egyik módszer sem tökéletes.
Te pedig lehetsz nyugodt a megbízhatóságot illetően, én olvastam bőven irodalmat, ami nem megnyugtató, és az hogy egyetlen teszt sem validált, és nincs tudományosan elfogadható szenzitivitási és specificitási vizsgálat még, azt én bizony problémának tekintem. Te miért nem?
Ahogy neked az is rendben lehet hogy hivatalosan kvantitatívnak nevezett tesztek a gyártók szerint mégis inkább csak kvalitatív vizsgálatra alkalmasak, de csak akkor adnak egyértelmű választ, ha megmogyorózzák a válaszért egy kicsit, ja és a termékleírásba beleteszi, hogy diagnosztikus célra nem alkalmas.
Khm, khm.
Ez a diagnózisok alapja, ezt tekintik jobb híján ‘gold standardnak’, ezzel ‘validálnak’ minden más vizsgálatot retrospektíve.
Minimális elvárás lenne, hogy a gold standardnak tekintett tesztek igenis megbízhatóak legyenek, és kétség nélkül, tudományosan is belátható módon.
Szigorúan tudományos szemmel pedig, mind a PCR ugyanazon PCR-ral történő validálása, mind klinikummal validálása nonszensz. Nem véletlen hogy nincs hivatalosan validált teszt még.
(Pedig idő bőven volt, hogy mostanra valami study legyen, de mégsincs – nem megnyugtató)
@deckard_r:
te végig analitikai szenzitivitásról és specificitásról beszéltél, míg én klinikairól (a Covid járvány kontextusában szerintem nincs is másnak értelme)
de akkor az analitikai részét részemről lezárva,
analitikai comparison a multi-target tesztekre including Charité (úgy látom a cut-off a studyban Ct 40 volt):
http://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.20048108v3.full.pdf
Analitikai specifitást nézve,
http://www.centerforhealthsecurity.org/resources/COVID-19/COVID-19-fact-sheets/200410-RT-PCR.pdf
14 tesztből 5 esetén nincs is adat, a többi esetben csak légúti vírusokra nézték, egyedül a CDC tesztek esetén nézték humán genomra, mikroflórára (hogy másra vizsgálták-e, nem tudni)
WHO ajánlás:
„In areas where COVID-19 virus is widely spread a simpler
algorithm might be adopted in which, for example, screening
by rRT-PCR of a single discriminatory target is considered
sufficient. „
EU ajánlás alternative approach:
„RT-PCR screening of only a single discriminatory target, using one set of primers, instead of two. Confirmatory testing (and additional sampling if necessary) should be performed only for specimens where the first result is technically not interpretable.”
Nem fognak tudni sehogyse annyian meghalni Covidban, mint a lezárások miatt.
Oktatni fogják a jövőben, hogyan ne kezelj válságot.
Epidemiológiában külön fejezet lesz, ez már egészen biztos.
Tankönyvi és történelmi félrekezelés.
Mondom ezt én, a felelőtlen.
http://www.who.int/news-room/detail/11-05-2020-the-cost-of-inaction-covid-19-related-service-disruptions-could-cause-hundreds-of-thousands-of-extra-deaths-from-hiv
Nem tudom hol, information overload, de valahol hallottam épp egy pár napja több epidemiológust kifakadni,
TBC-re nincs átoltva az emberiség pedig oltás is volna, HIV oltás nincsen még kifejlesztve, de bezzeg Covid-19-re 6 hónap alatt van 300 oltás Fázis 2-3 szakaszban, az emberiség teljesen meghülyült!
(és egyébként mind sikertelen lesz a gyakorlatban nagy valószínűséggel, de ezt már csak én teszem hozzá)
UK update: 2 hónap alatt 2 millió (igen, annyi) műtét maradt el és a backlog egyre csak nő
Science of Lock-down update:
Full lockdown policies in Western Europe countries have no evident
impacts on the COVID-19 epidemic.
http://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.24.20078717v1.full.pdf
Skewed statistics update:
az anyagi ösztönzőket Covid diagnózis felé tereléshez az USA esetén már tárgyaltam, itt a UK statisztikai háttérhelyzet:
http://www.zerohedge.com/health/covid-19-nonsense-exposing-britains-once-reliable-office-national-statistics
»A fertőzéseket nyilvántartó központi adatbank szerint július 1-jétől július 11-ig kilenc cseh turista tért vissza külföldről koronavírussal. Három személy Szlovákiában, kettő Svédországban, egy-egy pedig Horvátországban, Nagy-Britanniában, Magyarországon és Szerbiában fertőződött meg«
index.hu/kulfold/2020/07/13/koronavirus_jarvany_csehorszag_cseh_turistak_fertozes_behurcolas_magyarorszagrol/
@netukki: A magyarországi fertőzöttekről persze semmit nem tudhat senki.
Nyolcvan évre titkosítva van, hogy honnan hurcolják be a fertőzést és hová.
Legalább a csehektől megkérdezhetnénk, hogy az ő betegük merre járt Magyarországon és kikkel érintkezett.
@rikitikitevi: „Nem fognak tudni sehogyse annyian meghalni Covidban, mint a lezárások miatt. „
Szíved jog ezt hinni, de ennek semmi értelme.
A kérdés az lehetne (esetleg), hogy mekkora lenne a különbség a teljes halálozásban lezárással és lezárás nélkül (ill. különböző szintű korlátozások mellett, mivel sem teljes „lezárás” sem pedig a korlátozások teljes hiánya nem lehetséges a gyakorlatban). Tehát különböző forgatókönyvek összes halálozását kell összehasonlítani (mi van ha ezt tesszük, mi van ha azt), nem pedig két halálok által okozott mortalitást, csak úgy a semmiben.
A fentiek mellett kétlem, hogy be tudnád bizonyítani azt a sejtésedet, amire utalsz (már ha egyáltalán értelmezhető az, amire utalsz – nekem nem megy). Szerintem még az sem bizonyítható, hogy a korlátozások önmagukban (a COVID-tól eltekintve) több halálozást okoznak, mint amennyit elkerülnek. A korlátozások vitathatatlanul okozhatják a bizonyos típusú halálesetek számának a növekedését, másokat meg csökkentenek. A kettő mérlegét én nem tudom, de szerintem te sem.
@AdvocatusDiaboli: De be tudja bizonyítani: saját magának. Bármi van, minden őt igazolja. De még ha másnak is be tudná bizonyítani, akkor mi van? Mi jogon sakkozna emberek életével, hogy te csak menj dolgozni, vidd a gyereked iskolába, mert nem biztos, sőt, nem is valószínű, hogy meghalsz, vagy a szüleid meghalnak, ha elkapod, viszont a szegény gazdaság, meg a többi beteg, stb.? Megmenteni azt kell, aki az orrod előtt van, és akiért te felelsz, nem foglalkozhatsz azzal, hogy az ő megmentése mennyibe kerül. Az emberek amúgy sem gépek, ha megmondod nekik, hogy nem ér annyit a koronavírus veszélye, hogy korlátozást vezessenek be, akkor majd ők maguk korlátoznak, plusz jól pánikba esnek, mert furcsa módon szeretnének jó sokáig élni.